Im 19. Jahrhundert stieg die Zahl der Katholiken in Dortmund vor allem durch den Zuzug aus Polen und aus dem Münster- und Sauerland deutlich an. Dies war der Anlass für den Propst der Propsteikirche, sich um eine Niederlassung der Franziskaner zu bemühen, um so einen Stützpunkt für die Seelsorge an katholischen Christen zu schaffen.

Neunzig Jahre nach der Aufhebung des ersten Franziskanerklosters an der heutigen Klosterstraße in der Zeit der Säkularisierung, kamen so im Jahre 1895 die Franziskaner zum zweiten Mal nach Dortmund. Die Propsteigemeinde stellte ihnen ein Haus in der Hamburgerstr. 36 zur Verfügung. Dort wurde eine Kapelle für etwa 150 Personen eingerichtet. Diese Niederlassung wurde am 4. Oktober 1895, dem Fest des hl. Franziskus, mit drei Franziskanern feierlich eröffnet. Da die Räumlichkeiten sehr beengt waren, suchte man ein geeignetes Grundstück für den Neubau des Klosters und einer Kirche. Schon 1896 konnte der jetzige Platz erworben werden.

1897 wurde das Kloster erbaut. Die Grundsteinlegung der Kirche erfolgte im Jahre 1901 und schon nach 1½-jähriger Bauzeit war sie vollendet. Planung und Ausführung lagen in den Händen des Baumeisters Johann Franz Klomp.

Am 13. Juni 1902 konsekrierte Bischof Wilhelm Schneider aus Paderborn die Kirche. Zunächst war sie Klosterkirche der Franziskaner. 1911 wurde den Franziskanern ein Filialbezirk der Propsteigemeinde als Seelsorgsbezirk zugewiesen. Im Jahre 1924 erfolgte die Bildung einer selbständigen Filialkirchengemeinde, die am 1. Januar 1959 zur Pfarrei St. Franziskus und Antonius erhoben wurde.

Im Jahre 1944 richteten Bombenangriffe erheblichen Schaden an der Kirche an. Das Gewölbe des Mittelschiffes stürzte ein. Doch blieb die Architektur der neugotischen Kirche erhalten.

Am 20. Februar 1922 verstarb in Dortmund der von vielen Menschen als Heilige verehrte Bruder Jordan Mai. Aufgrund der großen Verehrung seines Grabes auf dem Ostfriedhof wurden seine Gebeine 1950 in die Kirche übertragen. 1970 wurde das Grab an seinen heutigen Platz im rechten Seitenschiff der Kirche verlegt. Um seine Verehrung und um die Lebendighaltung seines Erbes kümmert sich das Bruder-Jordan-Werk. In dem Bemühen, die Anliegen Bruder Jordans in unserer Zeit weiterzuführen ist 2013 der Jordan-Treff entstanden, ein Frühstücksangebot für bedürftige Menschen.

Ende des vergangenen Jahrhunderts entschloss sich die benachbarte Gemeinde Christus unsere Hoffnung, deren Kirche in der Arndtstraße stand, mit der Gemeinde St. Franziskus zu fusionieren. Im Juni 2004 hat der Erzbischof von Paderborn diesen Zusammenschluss genehmigt.

Seit 2004 ist die Franziskaner Mission, das Missionswerk der deutschen Franziskanerprovinz, in Dortmund ansässig.

Seit Sommer 2006 ist im benachbarten Bruder-Jordan-Altenzentrum eine der vier Senioren- und Pflegestation der Franziskaner in Deutschland untergebracht. Hier leben die Brüder, die eine intensivere Pflege benötigen. Zur Zeit sind dies Aloysius Müller, Dietmar Ruß, Petrus Kujawa, Heinrich Schnusenberg, Georg Ernst, Edmund Klaß, Wolfgang Meyer und Ildefons Vanderheyden.

Im Jahre 2006 kam es zu einer grundlegenden Innenrenovierung unserer Kirche, in der sie ihr heutiges Aussehen erhielt. Ein altes holzgeschnitztes Altarretabel aus einer Lippstädter Werkstatt sowie vier neugotische holzgeschnitzte Altaraufsätze mit gemalten franziskanischen Heiligen aus dem aufgelösten Franziskanerkloster Osnabrück geben der Kirche ihr ursprünglich neugotisches Aussehen zurück.

Heute ist die Pfarrei mit ca. 4.600 Gemeindemitgliedern eine aktive Kirchengemeinde in Dortmund. Sie bildet zusammen mit der Gemeinde St. Bonifatius seit 2007 den Pastoralverbund Hl. Weg. Seit 2017 gehört die Gemeinde zum Pastoralen Raum Dortmund-Mitte.

Im Franziskanerkloster leben zur Zeit 11 Brüder: Martin Lütticke, Bernhard Walter, Andreas Meinhardt, Heinrich Gockel, Hubertus Hartmann, Heinrich Rothaus, Klaus Albers, Johannes Romeyke, Augustinus Diekmann, Philipp Heine und René Walke.

Zum Konvent gehören darüber hinaus Werenfried Wessel (Dortmund) und Horst Langer (Herne).

Zu den Aufgabenschwerpunkten der Franziskaner in Dortmund gehören neben der Pfarrseelsorge die Arbeit im Bruder-Jordan-Werk mit dem Jordan-Treff, dem Frühstücksangebot für Obdachlose und Bedürftige, die Tätigkeit der Franziskaner Mission, und die Arbeit im benachbarten Bruder-Jordan-Altenzentrum mit dem Bruder-Jordan-Hospiz.

01 Kirchenrenovierung 1971

03 Bruder Jordan

02 Franziskusfest 1973

Kirchenrenovierung 2006